Quicknote
Правильно установите переменную env.
Вот один пример.
flatpak run --env=GTK_IM_MODULE=ibus org.telegram.desktop
Вот другой пример. Для меня это выглядит как постоянное исправление.
sudo flatpak override --system --env=GTK_IM_MODULE=ibus
Другие возможные переменные, Показывая формат ~/.bashrc просто адаптируйте, как в примере выше
#export GTK_IM_MODULE=$im
#export QT_IM_MODULE=$im
#export XMODIFIERS=@im=$im
#export INPUT_METHOD=$im
#export SDL_IM_MODULE=$im
Кредиты
https://github.com/flatpak/flatpak/issues/1671#issuecomment-437288456